mNGS检测呼吸道病原体

mNGS检测呼吸道病原体

文献信息：

文献：Metagenomic Sequencing Detects Respiratory Pathogens in Hematopoietic Cellular Transplant Patients

中文：宏基因组测序检测造血细胞移植患者的呼吸衡巧道病原体

杂志：American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. IF:13.204

时间：2017年7月

单位：加利福尼亚大学

摘要：

下呼吸道感染是造血细胞移植(HCT)接受者住院和死亡的主要原因。尽管如此，由于传统诊断法在预防性抗菌剂的设置中产量降低，抗体滴度降低，以及来自罕见机会微生物的感染，病因往往无法确定。mNGS可能提供更强的诊断，通过进行无需培养临床样本的微生物组成的综合检测。通过捕捉微生物和人类RNA, mNGS还允许同时通过转录组分析宿主免疫反应, 可以提供快速(< 48 h)和可行的微生物咐指键学的数据精确传染病诊断。

1 样本、常规临检：

由于HCT受者明显需要加强LRTI诊断，我们根据密歇根大学HUM00043287协议，先后纳入了22名因急性呼吸系统疾病住院的成人HCT受者，他们在2012年1月25日至2013年5月20日期间接受了支气管镜检查和BAL检查。对所有患者进行标准护理 BAL微生物学检测 ，包括 细菌、分枝杆菌、真菌和巨细胞病毒的半定量培养;曲霉半乳甘露聚糖检测;jirovecii肺孢子虫银染色;流感A/B、呼吸道合胞病毒和人偏肺病毒;和人疱疹病毒-6聚合酶链反应 ，具体方法见在线补充(4)。对血液和鼻咽部样本的补充诊断由治疗医师自行决定，具体见表1和在线补充(4)。

2 建库、测序、分析：

用250 μl BAL构建RNA和DNA测序文库，并根据已建立的方法进行双端Illumina测序。病原体检测利用定制的生物信息学管道来区分临床样本中逗郑的病原体和背景微生物污染物（参考2，3）。使用由每百万读序列(rpM)排列的核苷酸reads乘以每个属相对于无模板对照的nt和nr Z-scores之和所组成的排序分数[score = rpMnt×(Znt + Znr)]。

参考2： Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med 2014

参考3： Illuminating uveitis: metagenomic deep sequencing identifies common and rare pathogens. Genome Med 2016

方法：sequence-based ultra-rapid pathogen identification (SURPI)

3 评估标准

微生物鉴定被归类为病原体确认，如果：1)临床试验和mNGS发现了微生物, 2) 存在致病性在肺部的文献证据, 和3) 得分至少两倍比其他相同类型的微生物(病毒、细菌或真菌)中确定病人。如果mNGS单独识别了微生物，且符合标准2和3，则认为微生物是新的潜在病原体;所有其他微生物都被认为是不太可能或不确定的病原体。结果分别由病毒PCR或细菌16S rRNA基因测序独立证实，如(参考4)所述。

4 结论：

总而言之，我们利用元基因组测序的持续改进来扩大LRTI诊断急性呼吸系统疾病HCT受者的能力。我们证明，与目前的微生物诊断相比，mNGS具有更大的检测微生物的能力，并且能够将病原体检测与宿主反应和气道微生物组同步分析相结合。

参考：

临床上那些潜藏的病原体，可以用宏基因组测序“揪出”吗？

每天吃一片维生素C，对身体有害吗？医生：或产生7种好处

提起维生素C，很多人都不陌生。小小的一瓶，非常的不起眼，但是它却有非常大的功效，可以协助调理许多的 健康 问题。也正是因为它如此高的性价比，所以吸引了大量人群的注意力。 那么它究竟有什么作用？如此便宜的维生素C，究竟对人体有没有好处？我们应该怎样正确服用它呢？

维生素c作为人体所必需的营养因素，为了避免人体对它的缺乏，很多人通过各种方式来补充维生素C，那么为什么我们要补充维生素c呢？

人类在进化过程中，由于生存条件的改变和自然的选择，人体不能将血液中的葡萄糖转变成维生素c。 而研究发现维生素c可以清除体内所产生的自由基，由于人体不能自身合成维生素C，所以人体与其他动物相比，清除自由基的能力就会明显减弱。

这样会使 中风、心脏病、癌症等各种慢性代谢性疾病的发生风险增加。 因此为了我们身体的 健康 ，我们需要积极补充维生素C。

那么维生素c能否能长期吃呢？

这主要取决于维生素c的类型，维生素包括药用维生素c和食用维生素c，其中的药用维生素c不可以长期服用，而食用维生素c可以长期适量服用。

药用维生素c在临床上主要用来治疗疾病，比如对败血病的预防和治疗。 这种维生素c在使用时应该严格按照指亩医嘱服用，不可以长期大量服用，以免引起维生素c中毒。

而药伏逗宴店售卖的保健类维生素c则属于食用维生素，这类维生素c只是补充人体内每天所需要的维生素c，可以在医生的指导下长期适量服用， 来达到增强体质的目的。

总的来说，为了保护机体免受病原体和毒素的危害，我们缺银需要每天补充维生素c。那维生素C究竟对身体有什么好处呢？

1、可以增强免疫功能

武汉大学中南医学院重症医学科研究发现，大剂量的维生素c连续给予七天时间之后，对于新型冠状病毒带来的多器官衰竭具有阻断作用。

事实上，维生素c不仅仅对新冠肺炎有效。它也可以 增强体内免疫细胞的活性 ，加强身体杀灭细菌和病毒的能力。此外， 维生素c可以进入到骨髓，参与骨髓造血，不断加速红细胞的生长，清除血液中的毒素。

2 、维生素可以保护眼睛

研究发现，如果人体长期缺乏维生素，会导致晶状体浑浊、影响视力、严重者还会形成白内障。这是因为 晶状体内含有丰富的维生素c ，对维持晶状体的透明性有一定的作用。当维生素C缺乏时，维持晶状体透明性的能力下降，从而会导致晶状体浑浊。

此外， 维生素c和维生素e具有协同抗氧化作用，两者同时服用时，可以阻止体内产生的过氧化物对晶状体的破坏，从而起到保护视力的作用 。

3、可以参与胶原蛋白的合成

多项研究数据表明， 维生素C在合成胶原蛋白的过程中有重要的作用 。在人体的关节、皮肤、软骨、血管内膜中，都存在胶原蛋白，我们的皮肤也会因为胶原蛋白的减少而变得粗糙，失去弹性。因此， 补充维生素c对于皮肤美容，关节疾病的减轻以及防止动脉粥样硬化都有积极的意义。

4 、参与体内各种激素的代谢

皮肤白不白主要取决于黑色素细胞合成黑色素的能力，而 维生素c能够中断体内黑色素的形成，具有美白祛斑的作用 ，广受女性喜爱。另外， 维生素c还可以参与多巴胺、肾上腺素等激素的合成 ，对于维持人体的情绪稳定、缓解压力以及预防忧郁都有积极的作用。

5、 参与营养物质的代谢

维生素C可以将我们食物中的三价铁还原二价铁， 促进人体对铁的吸收， 防止缺铁性贫血的发生。

另外， 维生素C 可以促进人体对胆固醇的排泄，防止胆固醇在动脉内壁沉积 ，有效预防动脉硬化的发生。同时，人体内的叶酸必须在维生素C的催化下才能被人体吸收利用，而缺乏维生素C会使体内叶酸水平下降，引起巨幼红细胞性贫血的发生。

6、 解毒抗癌

研究发现： 维生素C可以阻断致癌物质N-亚硝基化合物的形成 ，从而达到预防癌症的效果。

另外，维生素C可以促进肝脏肝糖原的形成，而肝糖原在肝脏解毒中起着重要的作用。并且，维生素C可以 直接参与对人体内重金属的解毒过程， 有效预防汞、镉等有害重金属对人体的毒害作用。

7 、缩短感冒病程

国外科学家采集大量数据分析得出，在对感冒病人使用过维生素c之后，成年患者平均感冒持续时间缩短了8%。儿童的平均感冒时间缩短了18%，这充分说明了维生素C在减轻感冒症状方面的作用。

但是 ，此项研究仅说明了维生素能够缩短感冒的进程时间，暂时服用维生素c并不能治疗感冒 。并且，人体患感冒是病原体导致的上呼吸道感染，而维生素c本身对于治疗上呼吸道病原体是没有作用的。

维生素C的好处这么多，是所有人都能补充的吗？

医生建议： 常规补充维生素c还是必不可少的 。而且还有人认为，关于维生素c，每天补充100mg就可以满足身体的需要。 实际上100mg这只是预防明显败血病发生的剂量，而对于那些体内缺乏维生素c的人群来说，这个含量是远远不够的。

并且，对于体内缺乏维生素c以及想要追求美白和抗氧化人群来说，他们可以通过药物补充的方法来加大维生素C每天的摄入量。

但是在维生素C的服用过程中，也有许多注意事项。比如，因为维生素c呈酸性，如果同时服用碱性药物，则会影响疗效。并且，研究显示，维生素C和核黄素、避孕药等药物一起服用会影响彼此的疗效。

有关报道指出， 在补充维生素c时，有可能会导致恶心、呕吐、腹泻等问题，情况严重者还会出现胃溃疡。因此，补充维生素C时，若身体出现这些症状，就要立即停用。

同时，值得注意的是，由于维生素c具有美白作用以及合成胶原蛋白的功效，不少女性往往会大剂量服用。

但是据研究调查，大量地服用维生素c，有可能会导致不孕不育，影响女性的生育能力。而且如果孕妇在怀孕的过程中长期服用维生素c，也会使胎儿生下来就营养不良，或者出现其他身体问题。

另外，长期大量服用维生素c，容易让身体的抵抗力下降。因此，建议每天适量补充即可，避免副作用的发生。

首先。 我们可以通过食物来补充维生素c，建议多吃深绿色的蔬菜，比如说菠菜、青菜等。同时也可以吃猕猴桃等维生素含量较高的水果 。但是我们要知道，对于维生素c的补充不能仅仅通过食物。

因为 在饮食的过程当中避免不了对食物的加热、加油等加工行为，而且食物本身中也避免不了受到人工添加剂的污染，会影响食物中维生素c的含量 。因此，仅仅只通过食物来补充维生素c，效果并不理想。

这是，可以选择适量服用复合维生素来补充，值得注意的是 ，服用维生素c片时，水温不宜过高，以免会破坏维生素C的成分。

另外，为了减少维生素C在服用过程中不必要的损耗，这几个小细节我们可以注意一下。

比如在 切菜的时候可以多添加几滴醋，可以有效减少烹饪过程当中流失的维生素 。同时，少吃自制的冷蔬菜，因为自制的冷冻蔬菜中维生素c的流失量非常大。

不仅如此，生活中尽量限制吸烟次数， 这是因为香烟中的尼古丁会破坏维生素C的成分。 如果我们选择服用维生素c的补品，也一定要控制好用量，过多地服用维生素c会产生中毒的情况，反而会对人体产生不良效应。

人到中年，“肌”不可失，肌肉的减少会使心脑血管疾病的风险增加72%。 调查显示，50岁以上的老年人，每年将会减少0.5%~1%的肌肉量， 肌力的下降会加大许多老人患糖尿病等疾病的概率，甚至是无法运动。

根据最新的研究发现，服用维生素c，老年人的骨骼肌质量更加良好，维生素C一定程度上是改善老年人肌肉的关键。

随着年龄的增长，人体骨骼肌质量会逐渐下降，引起到肌力和生活质量的下降。同时也加大患二型糖尿病肾的风险。

因此针对老年人，如何补充维生素呢？

专家建议:中老年人每天体内维生素C的需求量相对较少，至少摄入60mg。另外由于中老年人的胃肠道系统较弱，因此，最好的补充方法是从饮食入手。让 中老年人多吃常新鲜的蔬菜和富含维生素c的水果。比如多吃柚子、橘子、橙子、柠檬等。也可以多吃蔬菜，比如小麦菜、油菜、小白菜、芹菜等。

另外，摄入了大量的蛋白质以后，再服用维生素C会使蛋白质在体内难以被消化吸收，容易引起消化不良， 因此，中老年人在补充维生素C后要少吃蛋白质含量高的食物 。

最重要的是，结石是中老年人的常见病，如果是结石患者，尽量减少维生素c的摄入，因为大量的维生素C补充，会使尿中的草酸含量增多，加重病情！